Identificação de variantes de nucleotídeo único associadas à diferenciação sexual em Carica papaya (Caricaceae)

Papaya (Carica papaya) produces one of the most consumed fruits around the world. The papaya trade makes use of gynodioecious plants and for its cultivation to be most efficient as possible, it requires a greater proportion of hermaphroditic plants, considering that the fruits from female and male p...

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Detalhes bibliográficos
Autor principal: Spelta, João Víctor Villas Bôas
Outros Autores: Sakamoto, Tetsu
Formato: bachelorThesis
Idioma:pt_BR
Publicado em: Universidade Federal do Rio Grande do Norte
Assuntos:
GWAS
Cromossomo sexual
Hermafroditismo
SNVs
Sex Chromosome
Hermaphroditism
Endereço do item:https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/46704
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Hermaphroditism
Spelta, João Víctor Villas Bôas
Identificação de variantes de nucleotídeo único associadas à diferenciação sexual em Carica papaya (Caricaceae)
description Papaya (Carica papaya) produces one of the most consumed fruits around the world. The papaya trade makes use of gynodioecious plants and for its cultivation to be most efficient as possible, it requires a greater proportion of hermaphroditic plants, considering that the fruits from female and male papaya trees are neglected by the consumer markets. The seeds available on the market produce male, female and hermaphrodite plants where the absence of strategies beyond molecular markers are still a limitation of papaya production. Knowing the molecular bases that influence the sex determination mechanism in papaya can help with the elaboration of strategies that assist the selection of hermaphroditic plants. This study was based on a bibliographic research that resulted in the consultation of more than 30 articles that address the approach of sex prediction and determination in papaya trees, we try to use a bioinformatics strategy to address the topic. An association study between genotypes and phenotypes was then carried out to find possible genetic factors involved in sex determination using resequencing data from 36 papaya samples (24 males and 12 hermaphrodites) obtained from public databases. The variant call was performed using the VarScan program, and the association studies were conducted using the PLINK program. In this analysis, 125,034 SNVs were found, where 406 of them were found to be significant. The results obtained so far constitute a starting point for further studies to progress in the understanding of the molecular mechanisms of sex determination in C. papaya.
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spelling ri-123456789-467042023-01-03T17:49:09Z Identificação de variantes de nucleotídeo único associadas à diferenciação sexual em Carica papaya (Caricaceae) Identification of single nucleotide variants associated with sexual differentiation in Carica papaya (Caricaceae) Spelta, João Víctor Villas Bôas Sakamoto, Tetsu https://orcid.org/ 0000-0002-1231-3886 http://lattes.cnpq.br/2465705279643305 https://orcid.org/0000-0003-3023-0117 http://lattes.cnpq.br/1342530085695810 Lúcio, Paulo Sérgio Marinho Souza, Jorge Estefano de Santana Cavalcante, Renata Lilian Dantas GWAS Cromossomo sexual Hermafroditismo SNVs Sex Chromosome Hermaphroditism Papaya (Carica papaya) produces one of the most consumed fruits around the world. The papaya trade makes use of gynodioecious plants and for its cultivation to be most efficient as possible, it requires a greater proportion of hermaphroditic plants, considering that the fruits from female and male papaya trees are neglected by the consumer markets. The seeds available on the market produce male, female and hermaphrodite plants where the absence of strategies beyond molecular markers are still a limitation of papaya production. Knowing the molecular bases that influence the sex determination mechanism in papaya can help with the elaboration of strategies that assist the selection of hermaphroditic plants. This study was based on a bibliographic research that resulted in the consultation of more than 30 articles that address the approach of sex prediction and determination in papaya trees, we try to use a bioinformatics strategy to address the topic. An association study between genotypes and phenotypes was then carried out to find possible genetic factors involved in sex determination using resequencing data from 36 papaya samples (24 males and 12 hermaphrodites) obtained from public databases. The variant call was performed using the VarScan program, and the association studies were conducted using the PLINK program. In this analysis, 125,034 SNVs were found, where 406 of them were found to be significant. The results obtained so far constitute a starting point for further studies to progress in the understanding of the molecular mechanisms of sex determination in C. papaya. O mamão (Carica papaya) produz um dos frutos mais consumidos ao redor do mundo. O comércio do mamão se utiliza de plantas gino-dióicas e que necessita, para que seu cultivo seja mais eficiente, onde necessita de uma maior proporção de plantas hermafroditas, tendo em vista que os frutos oriundos de mamoeiros fêmeas e machos são preteridos pelos mercados consumidores. As sementes disponíveis no mercado geram plantas dos três tipos, macho, fêmea e hermafroditas, e a ausência de estratégias além de marcadores moleculares ainda representa uma limitação na produção do mamão. Conhecer as bases moleculares que influenciam no mecanismo de determinação sexual em mamoeiros pode auxiliar na elaboração de estratégias que auxiliem na seleção de plantas hermafroditas. Neste trabalho, embasado em uma pesquisa bibliográfica que resultou na consulta de mais de 30 artigos que abordavam diversos aspectos acerca da predição e determinação sexual em mamoeiros, procurou-se usar uma estratégia em bioinformática para abordar o tema. Realizou-se então um estudo de associação entre genótipos e fenótipos para encontrar possíveis fatores genéticos envolvidos na determinação sexual utilizando dados de resequenciamento de 36 amostras de mamão (24 machos e 12 hermafroditas) obtidos em bancos de dados públicos. A chamada de variantes foi realizada utilizando o programa VarScan, já os estudos de associação foram conduzidos utilizando o programa PLINK. Nesta análise foram encontrados 125.034 SNVs, onde 406 deles apresentaram-se significativos. Os resultados até então obtidos constituem um ponto de partida para estudos mais aprofundados para progredir no entendimento dos mecanismos moleculares da determinação sexual em C. papaya. 2022-03-28T19:22:48Z 2022-03-28T19:22:48Z 2022-02-16 bachelorThesis SPELTA, João Victor Villas Bôas. Identificação de variantes de nucleotídeo único associadas à diferenciação sexual em Carica papaya (Caricaceae). 2022. 34 f. Monografia (Graduação em Ciências Biológicas) – Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2022. https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/46704 pt_BR Attribution-NoDerivs 3.0 Brazil http://creativecommons.org/licenses/by-nd/3.0/br/ application/pdf Universidade Federal do Rio Grande do Norte Brasil UFRN Ciências Biológicas Instituto Metrópole Digital

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