Identificação e análise filogenética de Trypanosoma cruzi detectados em Triatoma brasiliensis (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae) capturados em diferentes municípios do Rio Grande do Norte

Ribosomal DNA (rDNA) consists of genes used as molecular markers in the identification of trypanosomatids and show good results. The most used sequences for this aim correspond to its Small Subunit (SSU). In this work, the Trypanosoma cruzi 18S rRNA gene was amplified by Nested-PCR for the iden...

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Detalhes bibliográficos
Autor principal: Fidellis, Bárbara Araujo
Outros Autores: Silva, Andressa Noronha Barbosa da
Formato: bachelorThesis
Idioma:pt_BR
Publicado em: Universidade Federal do Rio Grande do Norte
Assuntos:
Triatoma brasiliensis
Trypanosoma cruzi
Discrete Typing Units
Identificação
Análise Filogenética
Identification
Phylogenetic analysis
Endereço do item:https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/45998
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Fidellis, Bárbara Araujo
Identificação e análise filogenética de Trypanosoma cruzi detectados em Triatoma brasiliensis (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae) capturados em diferentes municípios do Rio Grande do Norte
description Ribosomal DNA (rDNA) consists of genes used as molecular markers in the identification of trypanosomatids and show good results. The most used sequences for this aim correspond to its Small Subunit (SSU). In this work, the Trypanosoma cruzi 18S rRNA gene was amplified by Nested-PCR for the identification of Discrete Typing Units (DTUs) and phylogenetic analysis of parasite isolates, which were obtained from samples of the intestinal contents of Triatoma brasiliensis triatomines with previously known natural infection. Specimens were captured in nine municipalities in the Agreste, Central and West mesoregions of the state of Rio Grande do Norte (RN) in a previous study. Sequences of this gene were amplified with ~780 base pairs (bp) in 43.24% (16/37) of the samples. The samples ACA 23Tb, ACA 28Tb, CA 100-102Tb, CA 103Tb and Tb2 C Santa Rosa Acari went to Sanger sequencing and the quality of the process was observed in its electropherograms. The generated sequences went to alignments with GenBank sequences, by the BLASTN tool. Identity values greater than 90% were obtained with T. cruzi sequences from the database. The consensus sequences of samples CA 100-102Tb, ACA 28Tb and Tb2 C Santa Rosa Acari were used to generate Maximum Likelihood (MV) and Bayesian Inference (IB) phylogenetic trees with sequences of T. cruzi strains, corresponding to the DTUs I to VI, and Trypanosoma rangeli and Blastocrithidia triatomae (outgroups), from Genbank for the inference of a phylogenetic relationship between them. The results of preliminary analyses, identification and phylogenetic analysis confirmed CA 100-102Tb sample as DTU I and ACA 28Tb and Tb2 C Santa Rosa Acari samples as DTU II, indicating that these DTUs remain circulating in the domiciliary and peridomiciliary cycles in the RN, corroborating the importance of T. brasiliensis as a vector of T. cruzi in the state.
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In this work, the Trypanosoma cruzi 18S rRNA gene was amplified by Nested-PCR for the identification of Discrete Typing Units (DTUs) and phylogenetic analysis of parasite isolates, which were obtained from samples of the intestinal contents of Triatoma brasiliensis triatomines with previously known natural infection. Specimens were captured in nine municipalities in the Agreste, Central and West mesoregions of the state of Rio Grande do Norte (RN) in a previous study. Sequences of this gene were amplified with ~780 base pairs (bp) in 43.24% (16/37) of the samples. The samples ACA 23Tb, ACA 28Tb, CA 100-102Tb, CA 103Tb and Tb2 C Santa Rosa Acari went to Sanger sequencing and the quality of the process was observed in its electropherograms. The generated sequences went to alignments with GenBank sequences, by the BLASTN tool. Identity values greater than 90% were obtained with T. cruzi sequences from the database. The consensus sequences of samples CA 100-102Tb, ACA 28Tb and Tb2 C Santa Rosa Acari were used to generate Maximum Likelihood (MV) and Bayesian Inference (IB) phylogenetic trees with sequences of T. cruzi strains, corresponding to the DTUs I to VI, and Trypanosoma rangeli and Blastocrithidia triatomae (outgroups), from Genbank for the inference of a phylogenetic relationship between them. The results of preliminary analyses, identification and phylogenetic analysis confirmed CA 100-102Tb sample as DTU I and ACA 28Tb and Tb2 C Santa Rosa Acari samples as DTU II, indicating that these DTUs remain circulating in the domiciliary and peridomiciliary cycles in the RN, corroborating the importance of T. brasiliensis as a vector of T. cruzi in the state. CNPq UFRN O DNA ribossômico (rDNA) é constituído de genes que são utilizados como marcadores moleculares na identificação de tripanossomatídeos e apresentam bons resultados. As sequências mais utilizadas para esse fim correspondem à sua Small Subunit (SSU). Nesse trabalho, o gene 18S rRNA do Trypanosoma cruzi foi amplificado por PCR do tipo Nested para a identificação das Discrete Typing Units (DTUs) e análise filogenética de isolados do parasito, que foram obtidos a partir de amostras do conteúdo intestinal de triatomíneos da espécie Triatoma brasiliensis com infecção natural previamente conhecida. Os espécimes foram capturados em nove municípios das mesorregiões Agreste, Central e Oeste do estado do Rio Grande do Norte (RN) em estudo anterior. Sequências desse gene foram amplificadas com ~780 pares de base (pb) em 43,24% (16/37) das amostras. As amostras ACA 23Tb, ACA 28Tb, CA 100-102Tb, CA 103Tb e Tb2 C Santa Rosa Acari foram submetidas ao sequenciamento tipo Sanger e a qualidade do processo foi observada por meio dos eletroferogramas. As sequências geradas foram submetidas a alinhamentos com sequências depositadas no GenBank, pela ferramenta BLASTN. Valores de identidade superiores a 90% foram obtidas com sequências do T. cruzi do banco de dados. As sequências consenso das amostras CA 100-102Tb, ACA 28Tb e Tb2 C Santa Rosa Acari foram utilizadas para a geração de árvores filogenéticas de Máxima Verossimilhança (MV) e Inferência Bayesiana (IB) juntamente com sequências de cepas de T. cruzi, correspondentes às DTUs I a VI, e Trypanosoma rangeli e Blastocrithidia triatomae (outgroups), provenientes do Genbank para a inferência de relação filogenética entre elas. Os resultados das análises preliminares, da identificação e análise filogenética confirmaram o pertencimento da amostra CA 100- 102Tb à DTU I e das amostras ACA 28Tb e Tb2 C Santa Rosa Acari à DTU II, indicando que essas DTUs permanecem circulando nos ciclos domiciliar e peridomiciliar no RN, ratificando a importância do T. brasiliensis como vetor do T. cruzi no estado. 2022-02-16T13:13:02Z 2022-02-16T13:13:02Z 2022-01-26 bachelorThesis FIDELLIS, Bárbara Araujo. Identificação e Análise Filogenética de Trypanosoma cruzi detectados em Triatoma brasiliensis (Hemiptera: Reduviidae: Triatominae) capturados em diferentes municípios do Rio Grande do Norte. 2022. 53f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2022. https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/45998 pt_BR Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ application/pdf Universidade Federal do Rio Grande do Norte Brasil UFRN Farmácia Análises Clínicas e Toxicológicas

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