Bioinformática aplicada na identificação de genes de câncer/testículo e sua associação com prognóstico em uma análise pan-câncer

Cancer/testis (CT) genes are excellent candidates for cancer immunotherapies because of their restrict expression in normal tissues and the capacity to elicit an immune response when expressed in tumor cells. In this study, we provide a genome-wide screen for CT genes with the identification of 7...

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Detalhes bibliográficos
Autor principal:	Silva, Vandeclécio Lira da
Outros Autores:	Souza, Sandro José de
Formato:	doctoralThesis
Idioma:	pt_BR
Publicado em:	Brasil
Assuntos:	Bioinformática Câncer/testículo Antígenos Biomarcadores Prognóstico CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
Endereço do item:	https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/28490
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spelling	ri-123456789-284902020-02-16T07:56:43Z Bioinformática aplicada na identificação de genes de câncer/testículo e sua associação com prognóstico em uma análise pan-câncer Silva, Vandeclécio Lira da Souza, Sandro José de Lima, Lucymara Fassarella Agnez Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira Santos, Sidney Emanuel Batista dos Lajus, Tirzah Braz Petta Santos, Ândrea Kely Campos Ribeiro dos Bioinformática Câncer/testículo Antígenos Biomarcadores Prognóstico CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS Cancer/testis (CT) genes are excellent candidates for cancer immunotherapies because of their restrict expression in normal tissues and the capacity to elicit an immune response when expressed in tumor cells. In this study, we provide a genome-wide screen for CT genes with the identification of 745 putative CT genes. Comparison with a set of known CT genes shows that 201 new CT genes were identified. Integration of gene expression and clinical data led us to identify dozens of CT genes associated with either good or poor prognosis. For the CT genes related to good prognosis, we show that there is a direct relationship between CT gene expression and a signal for CD8+ cells infiltration for some tumor types, especially melanoma. In addition, we contextualized bioinformatics in a big data scenario. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Os genes de câncer/testículo (CT) são excelentes candidatos para o desenvolvimento de ferramentas imunoterapêuticos associadas ao câncer, devido à sua expressão restrita em tecidos normais e à capacidade de provocar uma resposta imune quando expressa em células tumorais. Neste sentido, no presente estudo realizamos uma análise em escala genômica para os genes de CT, identificando 745 putativos genes de CT. Ao compararmos com outros conjuntos de genes foram identificados novos genes de CT. Realizamos a integração de várias bases de dados de expressão gênica de tecidos normais e de tumores, para identificação desses genes. A integração de dados clínicos e de infiltração de células CD8+ no tumor, nos proporcionou a identificação de dezenas de genes de CT associados com prognóstico bom ou ruim. Para aqueles genes de CT relacionados ao bom prognóstico, mostramos em pacientes com câncer uma relação direta entre a expressão gênica do CT e um sinal de infiltração de células CD8+ para alguns tipos de tumores, especialmente melanoma. Adicionalmente, nesta tese contextualizamos a bioinformática em um cenário de big data. 2020-02-12T18:33:07Z 2020-02-12T18:33:07Z 2019-12-04 doctoralThesis SILVA, Vandeclécio Lira da. Bioinformática aplicada na identificação de genes de câncer/testículo e sua associação com prognóstico em uma análise pan-câncer. 2019. 47f. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto Metrópole Digital, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2019. https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/28490 pt_BR Acesso Aberto application/pdf Brasil UFRN PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA
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Bioinformática aplicada na identificação de genes de câncer/testículo e sua associação com prognóstico em uma análise pan-câncer

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