Transcriptoma do abomaso de ovinos e possíveis mecanismos de resposta a Haemonchus contortus

The aim of this study was to understand molecular mechanisms underlying host resistance. We compared the abomasal mucosal transcriptome of 17 crossbred ½ Santa Inês and ½ Dorper lambs, previously classified as infected (resistant and susceptible) and uninfected distributed in two feeding system (ad...

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Detalhes bibliográficos
Autor principal: Silva, Iasmim Santos Mangabeira e
Outros Autores: Medeiros, Lilian Giotto Zaros de
Formato: Dissertação
Idioma:por
Publicado em: Brasil
Assuntos:
Alimentação de animais
Endoparasitas
Ovinocultura
Resposta imune
Resistência
Sequenciamento do RNA mensageiro
CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIA::PRODUCAO ANIMAL
Endereço do item:https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/24075
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Silva, Iasmim Santos Mangabeira e
Transcriptoma do abomaso de ovinos e possíveis mecanismos de resposta a Haemonchus contortus
description The aim of this study was to understand molecular mechanisms underlying host resistance. We compared the abomasal mucosal transcriptome of 17 crossbred ½ Santa Inês and ½ Dorper lambs, previously classified as infected (resistant and susceptible) and uninfected distributed in two feeding system (ad libitum and restrict feed) in response to Haemonchus sp. infection using RNA-Seq technology. The libraries preparation, genome sequencing and sequence analyses were performed at the Laboratory of Animal Biotechnology - ESALQ, Piracicaba, Brazil. The average of reads per sample before and after filtering was 12.522.573 and 9.626.457, respectively, and the average of mapping rate of filtered reads against to Ovis aries Oar_v4.0 reference genome assembly was 79.66%. 421 and 1123 differentially expressed (DE) genes were identified when compared to infected and uninfected animals, within the restricted and ad libitum feed groups, respectively. When evaluated the infected animals inserted in the ad libitum feed versus restricted feeding, 13 genes were DE. When evaluated the resistant and susceptible animals with fixed feeding effect, only 36 genes were DE. Finally, by comparing infected versus control animals with feed as a fixed effect, 881 DE genes were identified. Functional enrichment analysis showed that some Gene Ontology terms were significantly enriched (adjusted p-value <0.05). Our findings suggest that in addition to genes that participate directly in the immune system, genes that participate in other biological pathways such as arachidonic acid metabolism, signaling pathway and complement system, for example, are essential in the host's response to Haemonchus contortus, generating a greater sheep resistance. In addition, feeding did not have a significant effect on the gene expression profile, showing that the difference between gene expressions was due to H. contortus infection.
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We compared the abomasal mucosal transcriptome of 17 crossbred ½ Santa Inês and ½ Dorper lambs, previously classified as infected (resistant and susceptible) and uninfected distributed in two feeding system (ad libitum and restrict feed) in response to Haemonchus sp. infection using RNA-Seq technology. The libraries preparation, genome sequencing and sequence analyses were performed at the Laboratory of Animal Biotechnology - ESALQ, Piracicaba, Brazil. The average of reads per sample before and after filtering was 12.522.573 and 9.626.457, respectively, and the average of mapping rate of filtered reads against to Ovis aries Oar_v4.0 reference genome assembly was 79.66%. 421 and 1123 differentially expressed (DE) genes were identified when compared to infected and uninfected animals, within the restricted and ad libitum feed groups, respectively. When evaluated the infected animals inserted in the ad libitum feed versus restricted feeding, 13 genes were DE. When evaluated the resistant and susceptible animals with fixed feeding effect, only 36 genes were DE. Finally, by comparing infected versus control animals with feed as a fixed effect, 881 DE genes were identified. Functional enrichment analysis showed that some Gene Ontology terms were significantly enriched (adjusted p-value <0.05). Our findings suggest that in addition to genes that participate directly in the immune system, genes that participate in other biological pathways such as arachidonic acid metabolism, signaling pathway and complement system, for example, are essential in the host's response to Haemonchus contortus, generating a greater sheep resistance. In addition, feeding did not have a significant effect on the gene expression profile, showing that the difference between gene expressions was due to H. contortus infection. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O objetivo deste estudo foi compreender os mecanismos moleculares associados à resistência de ovinos às infecções por nematoides gastrintestinais. Foi comparado o transcriptoma da mucosa do abomaso de 17 ovinos mestiços ½ Santa Inês e ½ Dorper, previamente classificados como infectados (resistentes e susceptíveis) e não infectados, distribuídos em dois sistemas de alimentação (ad libitum e alimentação restrita) em resposta a infecção por Haemonchus sp., utilizando a tecnologia RNA-Seq. A preparação das bibliotecas, o sequenciamento do genoma e a análise de dados foram realizadas no Laboratório de Biotecnologia Animal - ESALQ, Piracicaba, Brasil. A média de sequências por amostra antes e depois da filtragem foi de 12.522.573 e 9.626.457, respectivamente, e a média da taxa de mapeamento das leituras filtradas contra o genoma de referência do ovino Oar_v4.0 foi de 79,66%. Foram identificados como diferencilamente expressos (DE) 421 e 1123 genes quando comparado os animais infectados e não infectados, dentro do grupo de alimentação restrita e ad libitum, respectivamente. Quando avaliados os infectados inseridos na alimentação ad libitum versus alimentação restrita, 13 genes foram DE. Quando avaliados os animais resistentes e susceptíveis com efeito fixo de alimentação, apenas 36 genes foram DE. E por fim, comparando-se os animais infectados versus os controles tendo a alimentação como efeito fixo, foram identificados 881 genes DE. A análise de enriquecimento funcional mostrou que alguns termos do Gene Ontology foram significativamente enriquecidos (valor p ajustado<0,05). Nossos achados sugerem que além dos genes que participam diretamente do sistema imunológico, genes que participam de outras vias biológicas como o metabolismo do ácido araquidônico, via de sinalização e sistema de complemento são essenciais na resposta do hospedeiro a Haemonchus contortus. Além disso, a alimentação não apresentou um efeito significativo no perfil de expressão gênica dos animais infectados e não infectados, mostrando que a diferença entre a expressão dos genes foi devido à infecção por H. contortus. 2017-10-16T19:14:53Z 2017-10-16T19:14:53Z 2017-07-31 masterThesis SILVA, Iasmim Santos Mangabeira e. Transcriptoma do abomaso de ovinos e possíveis mecanismos de resposta a Haemonchus contortus. 2017. 115f. Dissertação (Mestrado em Produção Animal) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2017. https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/24075 por Acesso Aberto application/pdf Brasil UFRN PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM PRODUÇÃO ANIMAL

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